新晃这地方原属沅州府的芷江县，与贵州省的玉屏县接壤。
玉屏在明代和清代雍正之前，原来都是驻军的地方叫平溪卫。清朝雍正五年实行改土归流，把平溪卫改成了玉屏县。平溪卫的军田很多在沅州的芷江和麻阳，称为沅屯和麻屯。
从清康熙时的平溪卫志的军户地图上可以看到，现今新晃的波洲称为平溪卫的波洲户，大洞坪为平溪卫的大洞坪户。一部分军户想要得到这些军田，名正言顺的归他们所有，率先提出将湖南芷江就近的地方划归贵州。
沅州芷江六里的乡绅也起来响应，以贵州的科举考试比湖广容易为由头，发动苗峒地方的老百姓上䜣朝廷拨归贵州玉屏。这个问题不是一般的问题，惊动了云贵总督和湖广总督以及当时的嘉庆皇帝。于是就派贵州巡抚宁文和湖南巡抚巴哈布两位巡抚大员莅临芷江六里之地现场办公，并出了告示，广泛征求苗民的意见，愿不愿意拨归贵州。
结果愿意与不愿意划拨归贵州的各占一半。湖南巡抚不敢轻易放弃他所管辖的六里地方，贵州巡抚也不敢轻易接受这些愿意归附的苗人。两位巡抚大人根据当时芷江之西的六里之地接近苗疆，以动辄引起苗乱为由写了奏折向朝廷汇报。
最后朝廷批示成立晃州直隶厅，由湖南省直接管辖，将沅州通判移驻晃州。通判为晃州的最高行政长官，比沅州知府只低了半级，还特别将芷江县秀才的学额拨归一部分至晃州直隶厅，以示对晃州苗民的教育资源倾斜。
