建立者是佩德罗·梅嫩德斯·德阿维莱斯，当时西班牙国王菲利普二世授予他各种头衔，包括佛罗里达的先遣官等，并给予他在广阔的西班牙佛罗里达地区开发土地的广泛特权。
这份授权合同要求梅嫩德斯探索该地区的大西洋海岸并报告其特征，目的是找到一个合适的地点建立永久殖民地，以便保护西班牙的宝藏船队以及西班牙在北美洲宣称的领土免受其他欧洲列强的侵犯。
1565年7月梅嫩德斯·德阿维莱斯率领11艘船和1900人抵达佛罗里达，8月28日即圣奥古斯丁节，他进入了圣约翰斯河三角洲附近的一个海湾，11天后登陆将这片土地重新献给西班牙，并下令手下建造一座堡垒，以天主教的圣奥古斯丁节命名该堡垒和定居点。
这座堡垒建在当地印第安人村庄塞洛伊(Seloy)的旧址上，最初只是对原有的村庄进行了匆忙的加固，并没有立即制定更永久的堡垒结构计划。当时欧洲列强竞争激烈，法国新教徒在1564年建立了卡罗琳堡，这对西班牙在加勒比海和欧洲之间的航运利益构成了威胁。
西班牙认为控制佛罗里达北部至关重要，建立圣奥古斯丁可以阻止法国等其他欧洲国家在该地区的扩张。佛罗里达地区可能拥有丰富的资源，建立殖民地有助于西班牙开发和获取这些资源，促进其经济发展。
圣奥古斯丁建立后不断发展壮大，尽管面临着各种挑战，如围困、印第安人的反抗、疾病和领土边界争端等，但它成为了西班牙在北美的重要据点。后来它也经历了西班牙、英国等不同国家的统治时期，留下了丰富的历史文化遗产。
